Bàn về tông chỉ của Ngưu Đầu tông, Thiền sư Khuê Phong Tông Mật trong sách Trung Quốc Truyền Tâm Địa Thiền Môn sư Tư Thừa Tập Đồ viết như sau: "Ý chỉ của tông Ngưu Đầu cho rằng, bản thể của các các pháp như mộng, xưa nay vô sự, tâm cảnh vốn vắng lặng, chẳng phải nay mà từ khởi thủy vốn đã không. Vì mê nên thấy có, tức thấy các việc thịnh suy, sang hèn. Sự tích vốn như vậy, vì thấy có trái nghịch và tùy thuận nhau, nên phát sinh tình cảm yêu ghét, vì tình sinh nên bị hệ lụy bởi các khổ. Mộng là do mình tạo ra và chấp vào, cái gì là thương tổn cái gì là có ích? Cái trí hiểu được những điều này, cũng như mộng trong tâm; cho đến thiết lập một pháp vượt đến Niết-bàn, cũng như mộng huyễn. Đạt được trạng thái vô sự, lý xứng thì tình dứt, tình dứt thì nhân của khổ diệt, mới có thể vượt qua tất cả những khổ ách, đây là lấy việc dứt tình để tu." Còn trong Thiền Nguyên Chư Tập, Tông Mật mô tả Thiền sư Pháp Dung là người "nhiều năm nghiên cứu giáo lý Bát-nhã, đã ngộ được các pháp vốn không, nên mê tình đều không chấp". Như vậy, tông chỉ cốt yếu của Ngưu Đầu tông là trực nhận tất cả các pháp xưa nay đều như mộng huyễn, "không[5] là gốc của đạo" và "vô tâm hợp đạo". Về phương pháp tu tập thì tông này lấy "phá ngã vong tình" ( phá bỏ mọi chấp ngã, yêu ghét, phân biệt đối đãi) để làm chổ tu hành. Như vậy, tông Ngưu Đầu chịu ảnh hưởng từ tư tưởng tính không và phá chấp của Kinh Bát-nhã cũng như tư tưởng "đạo là gốc của vạn vật" của Huyền học Lão Trang.[1][4]

Một điểm đặc biệt nữa là tư tưởng của Thiền tông Ấn Độ và Trung Quốc đương thời chủ trương chỉ có các loài hữu tình (động vật) là có Phật tính (hữu tình Phật tính), điển hình như Thiền sư Bá Trượng Hoài Hải trong quyển Bá Trượng Ngữ Lục biện chứng rằng nếu như nói các loài vô tình cũng có Phật tính thì tại sao không thấy trong kinh có việc Phật thọ ký cho các loài vô tình thành Phật. Nhưng Phái Ngưu Đầu thì cho rằng cả các loài vô tình (như núi, sông, cây, cỏ...) cũng có Phật tính, quan điểm này được gọi là "Vô tình hữu Phật tính". Chính vì điểm khác biệt này mà giữa phái Hà Trạch và phái Ngưu Đầu đã có nhiều cuộc tranh luận kịch liệt. Các cuộc tranh luận này còn được ghi lại trong Tuyệt Quán Luận và Nam Dương Hòa Thượng Vấn Đáp Tạp Trưng Nghĩa. Trước tông Ngưu Đầu, học thuyết "Vô tình hữu Phật tính" cũng đã được Tam Luận tông đề xướng cho nên người ta cho rằng Ngưu Đầu tông kế thừa tư tưởng của Tam Luận tông. Học thuyết này cũng được cho là có dính dáng ít nhiều với học thuyết "Vạn vật tề đồng" của Lão Tử và Trang Tử.[3][6]

Về đặc trưng riêng của hai nhánh xuất phát từ tông Ngưu Đầu, nhánh của Thiền sư Hạc Lâm Huyền Tố và Kính Sơn Đạo Khâm chủ trương Thiền đơn giản, trầm lặng, vô vi. Như bài minh trên tháp của Thiền sư Đạo Khâm ghi rằng: "Đại sư tính tình hòa nhã, ít nói, hiếm khi bàn luận. Người hỏi đạo nhiều đến hàng trăm nghìn, nhưng ngài không trả lời một người nào." Nhánh này cố gắng phát huy triệt để tư tưởng "Vốn vô sự, do quên nên chạy theo vọng tình" của Sơ tổ Pháp Dung. Còn nhánh của Lục tổ Ngưu Đầu tông là Thiền sư Huệ Trung thì chủ trương xả bỏ mọi tư tưởng và chấp trước, không khởi tâm dụng công. Trong Tông Cảnh Lục của Đại sư Vĩnh Minh có dẫn ra lời đối đáp của của Thiền sư Huệ Trung như sau:

Người học hỏi: "Người nhập đạo dụng tâm như thế nào?"Sư đáp: "Tất cả các pháp vốn không sinh, nay cũng không diệt. Ông chỉ cần mặc nhiên tự tại, không cần phải kiềm chế, trực tiếp thấy, trược tiếp nghe, trực tiếp đến, đi, cần đi thì đi, cần đứng thì đứng, đó là chân đạo. Kinh nói: 'Duyên khởi là đạo tràng, vì biết đúng như thật'."Lại hỏi: "Nay muốn tu đạo, nên dùng phương tiện gì để đạt được giải thoát?"Sư đáp: "Người cầu thành Phật, không dùng phương tiện, thấu suốt nguồn tâm, thấy rõ Phật tính, chính tâm là Phật, chẳng vọng chẳng chân. Nên kinh nói, bỏ phương tiện, chỉ nói đạo vô thượng."[4]

Thiền sư Ngưu Đầu Huệ Trung còn có bài kệ an tâm như sau:

"Nhân pháp đều vắng lặngThiện ác thảy đều quênTâm chân cảnh cũng chânLà Bồ-đề đạo tràng."[7]

Tông này bị các vị Thiền sư của nhánh Lục Tổ Huệ Năng như Thiền sư Hoàng Bá Hi Vận chê là vẫn chưa biết đến cái then chốt của chổ hướng thượng. Ý nói tư tưởng, tông chỉ của phái này vẫn chưa đạt đến được chân lý tuyệt đối, ý chỉ tột cùng của Thiền tông.[1]